Du kan som udgangspunkt ikke have en fil på Windows NTFS filsystem der hedder .htaccess, da der skal stå noget foran punktummet.
Men det betyder ikke, at du ikke kan køre Wordpress på Windows IIS.
Til URL omskrivning skal du istedet bruge den indbyggede URL rewrite, som findes default i Windows 2008 R2 Server eller kan downloades og installeres til Windows 2003 og Windows 2008.
Med Microsoft Web Platform Installer kan du installere både PHP og Wordpress.
Men vær opmærksom på at du støder ind i en del problemer ved at køre Wordpress på IIS.
F.eks. plugins der ikke fungerer, hvis der ikke findes en .htaccess fil. Stier der ikke passer, da plugin vil have Unix stier og ikke Windows stier.
Måske findes der en mulighed for at omgå det med Apache til Windows. Så langt er jeg ikke kommet, da jeg skulle have det til at spille på IIS, af nogenlunde samme årsag som dig. Synes at have læst at man kan konfigurere et andet filnavn, som Apache så tror er .htaccess
Min umiddelbare erfaring siger mig at dit projekt er op ad bakke.... Desværre...