Der er ingen tvivl om at det selvfølgelig skal fjernes, eller tilrettes med rette URL de steder man måtte ønske det. Jeg anklager dig heller ikke for at sige at du er 100% sikker eller andet.. Tværtimod spurgte jeg blot til dine erfaringer da dette tag som sagt er nyt for mig, og jeg ikke selv har nogen praktisk erfaring med det.
Jeg fandt dette link hvor Google selv forklare hvordan taget skal bruges, og her kan man bla. læse følgende:
Er rel="canonical" et forslag eller et direktiv?
Denne nye mulighed gør det muligt for websiteejere at foreslå, hvilken version af en side, som Google skal behandle som kanonisk. Google tager dette med i sine overvejelser sammen med andre signaler, når vi afgør, hvilke webadresser, der indeholder identisk indhold og beregner de mest relevante af disse sider, der vises i søgeresultater.
I dette tilfælde forekommer det mig derfor rimeligt at Googles søgerobotter godt kan se at www.example.com ikke hører til denne side og ikke omhandler veteranbiler, hvorfor mit gæt umiddelbart ville være at de vælger at ignorere "anbefalingen". - Derfor skal det som sagt stadig rettes, men om det er hovedårsagen til hans drop er jeg usikker på.
Som du selv er inde på er der mange andre ting på siden at tage fat på også, hvilket er grunden til at jeg anbefaler en større "forårsrengøring". - At starte helt forfra er måske overkill, og uden at kende Joomla indgående kunne jeg foretille mig at det var nok at få udviklet et nyt tema som både er SEO og menneske venligt, samt at få rettet de forskellige uheldigheder som unødige redirects, DC m.m. som du nævner.
Jeg har selv tidligere prøvet at have en hjemmeside til at ligge som nr. 2 på google, på et attraktivt søgeord. Da denne side skulle flyttes til et nyt system blev det gjort på samme måde som Marcus beskriver, ved at teste den online på www.domæne.dk/test - Dette resulterede i at siden forsvandt helt fra google, og efter den gamle side var fjernet tog det 3-4 måneder før siden langsomt begyndte at få sin placering tilbage. Så dette kunne også være et bud i Markus's tilfælde, alt efter hvor lang tid siden det han lavede sin 301 redirect fra den gamle til den nye..
Men alt i alt er der nok flere faktorer på spil!? :)