Jeg har selv lige stået i samme situation (fakturaen er dog ikke betalt endnu), og Summa klarer faktisk næsten det hele for dig.
Jeg bruger fakturasystemet, og i december 2008 sendte jeg fakturaen til kunden. Når du bogfører (sender fakturaen til kunden) kommer beløbet til at stå under "Debitorer, ubetalte fakturaer" (konto 56100 i Summa Summarum), og momsen er kommet med under "salgsmoms". Så derfor har du automatisk momsen med i 2008. Jeg gjorde momsen op, og afsluttede regnskabet. Det skyldige beløb blev automatisk overført til det nye regnskab der blev oprettet for 2009.