Som de andre er inde på, er der basalt set ikke nogen SEO-mæssige ulemper ved at bruge et custom PHP-system frem for WordPress, Joomla m.fl. (jeg bruger selv et custom CMS til mine hjemmesider).
Det væsentlige er "outputtet" - det indhold der leveres til browseren, og som kan læses/ses af brugere og søgemaskiner. Lige så væsentligt er det, hvordan koden performer (yder koden det optimale?).
Det du skal fokusere på er, om PHP-koderne giver dig mulighed for at levere det output, som er grundlaget for den tekniske del af SEO, f.eks.:
- er PHP-koden velskrevet og yder den det, den skal eller er det en omgang "spaghetti-kode" (dysfunktionel og dårligt opbygget amatør-kode)?
- giver systemet dig mulighed for at oprette nye sider, skrive/redigere sidetitler, meta-beskrivelser osv.?
- giver systemet mulighed for at benytte Schema-tags, Open Graph-tags og andre social media-tags?
- er systemet optimeret, så indholdet indlæses hurtigt?
- har du kontrol over HTML-strukturen og CSS, så du kontrollerer den semantiske HTML-struktur og understøtter "RWD" (mobilvenligt webdesign)?
Det er spørgsmål som ovenstående, du skal undersøge og have svar på, før du kan tage stilling til fordele/ulemper ved PHP-koden.
Jeg vil forslå dig at få en kyndig webprogrammør til at gennemgå og sige god for koden, før du køber hjemmesiden - eller få vedkommende til at give dig et estimat på, hvad det vil koste at kode et nyt system.
Hvis ikke det er muligt, så vil jeg foreslå dig at lade være med at købe noget, du ikke ved hvordan fungerer (du kan hurtigt komme i en situation, hvor du smider gode penge efter dårlige - især hvis hjemmesidens "backend" skal kodes helt om).