Det ville være naturligt at lave et designklassediagram (gaaaab) og evt. sekvensdiagrammer over evt. større/komplicerede transaktioner. Der findes standarder til at dokumentere sin kode, men du behøver jo ikke dokumentere det i bund. Du kan se et eksempel her:
http://java.sun.com/blueprints/guidelines/designing_enterprise_applications_2e/images/app-archa4.gif (beklager, jeg ikke lavede direkte link - det kørte ikke rigtigt for Amino).
Evt. andre kommentarer kan du, som Carsten skriver, blot skrive ned i klar tekst. Evt. også hvorfor du har valgt de valgte løsninger, hvis det ikke er indlysende.