Jeg synes personligt ikke at det virker forvirrende med flere bannere. Der skal dog selvfølgelig være mening med galskaben, så det skal jo være fordi man har noget meningsfuld og brugbar information og/eller tilbud, og ikke "bare" for at have dem.
Det eneste jeg synes der kan virke distraherende og irriterende, er hvis de kører for hurtigt. I så fald kan det virke forstyrrende. Det afhænger selvfølgelig lidt af hvor meget tekst du evt. har på dem, men sørg for at folk har god tid til at læse og forstå hvad dit tilbud eller lign. drejer sig om.
Og så skal man selvfølgelig tage højde for SEO ift. flash og lign., men hvis du kan leve med at Google ikke læser din tekst og den kun er for dine brugeres/kunders skyld, så synes jeg sagtens at du kan sætte dem til at køre i rotation.