Jeg har ikke den fjerneste ide om hvordan siden er struktureret, så der vil være steder det vil give mere mening at lægge sin .js fil, men du kan sagtens lægge den i roden, eller bare oprette en mappe der hedder js så længe du linker rigtigt til den fra din header fil.
I wordpress kunne stien se sådan ud
wp-content/themes/marjoetheme/js/custom.js
eller
http://marjoe.dk/wp-content/themes/marjoetheme/js/custom.js
hvis du bare smider den i roden så vil stien se sådan ud
http://marjoe.dk/custom.js
sådan her kan dit link så se ud
<script type="text/javascript" src="../wp-content/themes/marjoetheme/js/custom.js"></script>
--
Du kan se i dine filer hvor andet js er linket hen til.
Hvordan har dandomain linket andre js filer? Hvis du ikke kan se andre js filer linket fra header, kan det være at den er blevet linket til fra footer.
når du har fundet ud af hvordan andre js stier ser ud, kan du egentlig bare kopiere den ind i mappen hvor de linker til, og kopiere deres js link og skifte filnavnet ud med dit eget.
Hvis du ser et sted der ser sådan her ud:
<script type="text/javascript" src="../wp-content/themes/marjoetheme/js/jquery.js"></script>
Så ved du at de har lagt en js fil i wp-content/themes etc etc så smider du bare din fil der ind kopiere <script type="text/javascript" src="../wp-content/themes/marjoetheme/js/jquery.js"></script> og skifter jquery (eller hvad der end står) med custom.js
evt. sådan
<script type="text/javascript" src="../wp-content/themes/marjoetheme/js/custom.js"></script>
---
Men jeg fatter ikke de ikke gider at gøre det for dig. Så dem til det, de ved hvad de har med at gøre. Især fordi det er deres system, og de kender det. :)