Hvis du bruger MySQL, kan du lave et dump med mysql (såfremt det da er mysql du anvender) og overføre dette og dine filer med ncftp via konsollen, som du så får automatiskeret med et shellscript der kører det via et cronjob med passende interval.
Relevante søgeord til google er bash shellscript, mysql dump, cronjob howto og ncftp
Det man normalt gør er at opsætte nogle cron.job altså job der kører nogle script på med nogle bestemte tidsintervaller, som så laver et "MySQL Dump" og kopiere derefter den folder du har dit website i plus mysql dumpet over på din FTP server.
Jeg tvivler på at der findes et færdigt program der kan gøre dette automatisk. I såfald vil jeg gerne vide det