Er i tvivl om hvad skal indekseres på mit website

Du er ude i noget som ikke er sort/hvidt.

Så du kommer næppe til at få et svar som er generelt dækkende.
Det kan både afhænge af det konkrete site, men det kan også udvikle sig i takt med at du får mere indhold på siden.

Men som udgangspunkt...

Det er korrekt at indeksere forsiden og varekategorisiderne, så længe du ikke har for mange kategorisider uden unikt indhold (fx 500 ord om kategorien).

Det er også en god ide ikke at indeksere artikelkategorierne, hvis du hovedsageligt benytter artikler til at bytte links. Det samme gælder selvfølgelig tags.

Hvis du har flere varer i hver kategori eller på forsiden, så skal du nok ikke indeksere de paginerede ekstra sider, eller kanonisere dem til varekategori/forside.

Om du skal kategorisere varerne er et helt kursus i sig selv.
Hvis du har unikt indhold på varerne, og du ikke har for mange produkter,så kan det give mening, fordi du så kan ramme dem som virkelig er langt i købsrejsen, og er klar til at købe. Lander de direkte på produktet er der større chance for at du får et salg, end hvis de skal klikke sig igennem hele dit site. Men hvis man indekserer en masse produkter, som kun har de samme produkttekster som man henter fra feed'et, så får du let en masse tyndt indhold. Og det bryder Google sig ikke om. Så det sikre udgangspunkt er ikke at indeksere dem, men kan man forædle produktbeskrivelsen og der ikke er alt for mange produkter, så er det virkelig noget som kan gøre en forskel.