Den 1. januar 2013 trådte de nye regler om fleksjob i kraft.
De nye regler betyder blandt andet, at arbejdsgiveren alene skal betale for de timer den fleksjobansatte faktisk arbejder. Arbejdsgiveren får således ikke længere tilskud for den afholdte lønudgift, der er knyttet til den fleksjobansatte. Det er derimod fremadrettet medarbejderen, der modtager tilskuddet.
Desuden sætter de nye regler højere krav til kommunens vurdering af fleksjobansøgerne, og reformen har gennemgående ændret ordningen og fremgangsmåden ved ansættelse af fleksjobbere. Det er derfor vigtigt for arbejdsgivere at sætte sig ind i disse regler inden man ansætter en medarbejder i et fleksjob.
Fleksjobansatte, der er ansat før den 1. januar 2013, er stadig omfattet af de tidligere regler om fleksjob.