Regnskab som freelancer på projektbasis

Hej

Jeg har et hurtigt spørgsmål angående mit regnskab som freelancer. Jeg synes det er rigtig svært at finde svar på nogen steder.

Jeg arbejder normalt freelance, hvor jeg selv laver fakturaerne og sender til kunden. Men indimellem sker det at jeg bliver ansat ind i virksomheden på projektbasis, så det betyder at alt der har med skat at gøre går gennem kunden ligesom fastansatte. Problemet er så, hvordan noterer jeg det ind i mit eget regnskab (nærmere bestemt Dinero), når nu det ikke kommer ind gennem en almindelig faktura? Indtil videre har jeg gjort intet, og bare taget det som endnu et job. Men jeg vil jo gerne have det med på det endelige resultatet, og gerne uden at jeg bliver trukket for skat to gange! Kan I hjælpe med, hvordan jeg gør det rigtigt? 

Jeg håber spørgsmålet er ok her i forummet!