Jeg vil da gerne komme med et par gode råd..
Tænk i unobtrusive JavaScript, forstået sådan at siden også fungerer nogenlunde fedt uden.
Start med at lav det uden JavaScript, og hav en enkelt side med dit indhold, med forskellige overskrifter. Brug anchors til at få siden til at scroll'e uden javascript, via passende links.
Når du har noget der giver mening uden javascript, kan du begynde at skjule det indhold der ikke skal være på forsiden, og eventuelt de links der ikke længere er relevante.
Jeg forstår ikke helt din idé godt nok til at jeg kan sige præcis hvordan du kodemæssigt skal gøre, men det lyder som om at du bare skal animere nogle css parametre via jQuery, som f.eks. position, top, z-index, etc. Derudover kan du med fordel gøre bruge af fadeIn() fadeOut() og fadeTo(). Det hele er der gode guides til på jQuery's hjemmeside.
Ovenstående approach er kun tiltænkt mindre sites, hvor at det ikke bliver for stor en load at hente alle sider på én gang.
Jeg ved heller ikke hvordan Google bryder sig om sider bygget på den måde, men det kunne være interessant at få et indspark. Hvis din side handler om søgemaskineoptimering, skulle den jo gerne selv være et pragteksempel ;-)
Hvis Google sluger det dårligt, må du over i noget, hvor du linker til forskellige sider, og så med javascript på forsiden skifter links'ne ud med funktioner der henter indhold på en "ajaxy" måde og animerer det ind. Det bliver dog hurtigt lidt mere kringlet.
Men håber det gav dig lidt hjælp på vejen.
/Michael